La auditoría en las fundaciones y asociaciones puede ser auditoría obligatoria en base a los límites establecidos por la normativa vigente, o bien, auditoria voluntaria con el fin de mejorar la tranparencia en la gestión de las mismas, así como, ganar fiabilidad en los estados financieros presentados por fundaciones y asociaciones.
La normativa contable a aplicar por las fundaciones y asociaciones es el Plan General de Contabilidad, así como las normas de adaptación del Plan General de Contabilidad a las entidades sin fines lucrativos y el modelo del plan de actuación de las entidades sin fines lucrativos, en base a Real Decreto 1491/2011 de 24 de octubre.
Para todas las fundaciones de competencia estatal, existe obligación de auditar las cuentas anuales cuando, durante dos ejercicios consecutivos reúnan, a la fecha de cierre de cada uno de ellos, al menos dos de las siguientes circunstancias: