Las sociedades cooperativas al igual que el resto de sociedades mercantiles tienen la opción de someter sus cuentas anuales a auditoría. En el caso de las cooperativas, dada la importancia que tiene su base social, hace que las transparencia hacia los socios haya de ser máxima, y es por esto
que los gestores de las cooperativas tiendan a auditar sus cuentas anuales, de forma que su gestión tenga la fiabilidad adecuada ante los socios.
Las cooperativas tienen la obligación de presentar sus cuentas anuales en el Registro de Cooperativas junto al informe de auditoría en el caso que hayan realizado la misma.
En base a la Ley 27/1999 de Cooperativas, de ámbito nacional, las sociedades cooperativas vendrán obligadas a auditar sus cuentas anuales en base a los supuestos previstos en la Ley de Auditoria de Cuentas y sus normas de desarrollo. Por lo cual los límites que marcan la obligatoriedad de la auditoría de las cuentas anuales de las cooperativas son los mismos que los establecidos para el resto de sociedades empresariales.
En el caso de las cooperativas de viviendas la Ley 27/1999 en su artículo 91 establece, aparte de lo indicado anteriormente para todas las cooperativas, la obligatoriedad de auditar sus cuentas anuales en los siguientes supuestos: